生物發(fā)酵工程是生物工程的一個重要組成部分。發(fā)酵工程發(fā)源于家庭或作坊式的發(fā)酵制作（農產手工加工），后來借鑒于化學工程實現了工業(yè)化生產（近代發(fā)酵工程），最后返璞歸真以微生物生命活動為中心研究、設計和指導工業(yè)發(fā)酵生產（現代發(fā)酵工程），跨入生物工程的行列。

而微生物發(fā)酵技術以現代發(fā)酵技術為核心，利用微生物的代謝活動過程，經生物轉化而大規(guī)模地制造各種工業(yè)發(fā)酵產品，已經形成了一個品種繁多、門類齊全的獨立工業(yè)體系，在國民經濟中占有重要地位。

微生物發(fā)酵即是指利用微生物，在適宜的條件下，將原料經過特定的代謝途徑轉化為人類所需要的產物的過程。微生物發(fā)酵生產水平主要取決于菌種本身的遺傳特性和培養(yǎng)條件。發(fā)酵工程的應用范圍有：⑴醫(yī)藥工業(yè)，⑵食品工業(yè)，⑶能源工業(yè)，⑷化學工業(yè)，⑸農業(yè)：改造植物基因；生物固氮；工程殺蟲菌生物農藥；微生物養(yǎng)料。⑹環(huán)境保護等方面。